La historia del equipo se remonta al paso del Tour de Francia por la localidad de Lourdes en 1992. Aquel día, José Alberto Pradera (entonces diputado general de Vizcaya) y Miguel Madariaga (mánager del equipo aficionado Beyena) iniciaron un plan para la creación de un equipo ciclista vasco profesional.
El 17 de junio del año 1993 se creó bajo el nombre de Fundación Ciclista de Euskadi, una fundación privada con personalidad jurídica propia y con independencia de actuación, sin ánimo de lucro, con la intención de fomentar, promocionar y divulgar el ciclismo y la cantera vasca. Según se detalla en sus estatutos, podrán correr en el equipo ciclistas nacidos en los territorios históricos de Vizcaya, Guipúzcoa, Álava o Navarra, o aquellos ciclistas foráneos que hayan militado en categorías inferiores en un equipo de alguno de los territorios antes mencionados (valgan como ejemplo Íñigo Cuesta o Samuel Sánchez). En el Tour de ese año, Pradera y Madariaga sondearon a varios ciclistas profesionales (Pello Ruiz Cabestany entre otros) para que integraran, junto a jóvenes procedentes de aficionados, la primera plantilla del equipo para 1994; asimismo, se llegó a un acuerdo con Txomin Perurena para que fuera el director deportivo del equipo. Se distribuyeron 25.000 cartas entre particulares y empresas con el objetivo de reunir apoyo para el proyecto, y pese a la buena acogida de la iniciativa, fue difícil recaudar fondos para el proyecto. Pese a ello y con apenas 5.000 socios de la Fundación y el apoyo de un reducido número de empresas, el equipo comenzó a rodar.
En 1994 dio sus primeras pedaladas el equipo profesional con el nombre Euskadi. La equipación en los primeros años constaba de un culote negro y un maillot tricolor (rojo, verde y blanco) con los colores del icono de la Fundación, que coinciden con los de la ikurriña.
La primera victoria del equipo la conquistó en 1994 Agustín Sagasti (por desgracia ese mismo año se estrelló contra un coche en Vuelta a los Mineros quedando minusválido) al ganar el sector matinal de la quinta etapa de la Vuelta al País Vasco: Sagasti hizo alrededor de ochenta kilómetros escapado, hasta llegar victorioso al Santuario de Loyola
El 17 de junio de 1997, la junta de la compañía telefónica vasca Euskaltel aprobó su ingreso como patrocinador del equipo ciclista, con una aportación de 26 millones y medio de pesetas. En la Vuelta a España de ese año, el equipo lucía ya los colores de su nuevo patrocinador. En sus primeros tiempos con Euskaltel como patrocinador, el equipo tuvo un nuevo maillot, de color azul y con el número 050 de Euskaltel como elemento destacado. Gracias al patrocinio de Euskaltel, el equipo logró una estabilidad financiera hasta entonces utópica, y el equipo pasó a llamarse Euskaltel-Euskadi, nombre que se mantiene en la actualidad. Poco después, el color predominante del maillot pasaría al naranja. En 1998, se contrató a Julián Gorospe como nuevo director deportivo; bajo su dirección en los siguientes nueve años el equipo experimentó una profunda transformación, pasando de ser uno de los equipos más modestos a convertirse en miembro del UCI ProTour y un equipo fijo en el Tour de Francia, el sueño fundacional del equipo.
La primera victoria de Euskaltel-Euskadi en una gran vuelta llegó en 1999, cuando Roberto Laiseka, quien llevaba en el equipo desde su fundación, logró ganar la 19ª etapa, con final en el Alto de Abantos, de la Vuelta a España.En el año 2000 llegó la segunda victoria en una grande, otra vez de la mano de Laiseka en una etapa de montaña de la Vuelta, la etapa 11ª, con final en Ordino-Arcalís además concluyendo en sexto lugar en la clasificación general.
